食用菌深加工是改变食用菌的传统面貌，包括改进食用菌保鲜技术，充分利用原料加工成速食食品，科学提取食用菌多糖等有效成分，加工成药品、保健食品、化妆美容产品等。
　　
　　除对食用菌进行传统的干鲜菇、罐头和盐渍等初加工以外，食用菌的深加工也越来越引起食用菌产业界的重视，并形成了"未来的食用菌发展，必须以食用菌深加工为依托，没有深加工的发展，就没有食用菌的发展"的共识。
　　
　　国内知名食用菌企业福建绿宝集团，经过多年的食用菌深加工业务的发展，实际建设中的全产业链接科技园，致力于多样化食用菌深加工产品种类、提高食用菌市场价值，是食用菌深加工行业的典范。
　　
　　近年来，福建省三明市泰宁县加大食用菌产业发展力度，开展精深加工，拉长产业链条，拓展销售渠道，食用菌富民效应不断凸显。食用菌产业是一项集经济效益、生态效益和社会效益于一体的短平快农村经济发展项目，食用菌又是一类有机、营养、保健的绿色食品。
　　
　　今年，泰宁县食用菌生产呈现三个亮点：一是茶树菇种植规模大幅度增长。由于近年来茶树菇市场价格回升，经济效益明显，充分调动了菇农生产积极性。今年上半年，全县茶树菇栽培已完成190万袋，同比增长78%。二是食用菌工厂化生产形成规模。现有标准菇房面积3000平方米以上，日生产能力1.5万袋以上的食用菌工厂化企业有7家。按照食用菌无公害生产管理要求，周年进行海鲜菇、金针菇、杏鲍菇、秀珍菇、草菇等标准化生产，最高日产鲜菇40吨以上，年产8000吨以上，占全县食用菌总产量60%。三是灵芝产品实现有机栽培。为适应国际市场需求和产品经济效益，灵芝栽培按照有机农产品生产规程操作，福建省菌芝堂生物科技有限公司引进有机灵芝栽培技术，建立了年产50吨出口日本的有机灵芝生产基地。
　　
　　虽然泰宁县的食用菌的种植发展迅速，但在生产中菇农还是遇到很多难题。一是菇农缺资金、没技术，种植的食用菌产量低、效益不佳；二是一家一户分散购买原料，导致生产成本居高不下；三是在销售里常遭商贩压价，有时菇农之间也存在相互压价现象，导致收益不高。
　　
　　为破解这些难题，泰宁县将菇农召集到一起，引导菇农成立食用菌专业合作社，提高菇农组织化水平和集约化程度，增强市场竞争能力。食用菌专业合作社实行规模化种植，统一备料、统一菌种、统一技术指导、统一销售，使菇农变分散经营为分工协作经营，共享原辅材料、销售等市场信息，共拓销售市场，变个体弱势为群体优势，增强抵御市场风险的能力和参与市场竞争的能力，让社员得到更多实惠。
　　
　　据了解，泰宁县食用菌种有限公司每年为菇农提供茶树菇、香菇等菌种40万～50万袋，通过与农户签订菌种质量保证书和让农户暂欠部分菌种款，带动了农户种植茶树菇、香菇等食用菌800万～1000万袋，年增加农民收入1600万～2000万元。发展食用菌产业符合人们消费增长和农业可持续发展的需要，是农民快速致富的有效途径。

　　
　　为了加快成果转化，泰宁县引进了新技术、新工艺5项，发展了新品种6个，并积极开发阔叶树木材之外的原料替代品，将长过菇的废菌包回收做有机肥，将菌包塑料袋回收重新使用，这一创举大大提高了废弃物品使用率。同时，利用阳光工程、雨露计划、培训学习和外出参观等科技平台，加强对菇农食用菌技术知识的培训，不定期深入田间、菇棚、企业进行技术指导服务，不断提升科学栽培管理水平，让食用菌生产“得心应手”。
　　
　　此外，泰宁县常态化还对多家食用菌工厂化周年栽培企业和专业合作社进行农产品质量安全检查，督促引导企业标准化生产，通过温控、湿控、风控、光控等现代化设备，创造食用菌最佳生产环境，实现产业转型升级。
　　
　　随着近几年食用菌工厂化企业的迅猛发展，食用菌自动化机械设备企业也迎来了前所未有的商机。但同时，我国食用菌自动化机械生产存在着先天不足，需要在以后的发展中进一步得到规范和强化。只有不断地完善自身才能在这个市场站稳脚，才能不被市场淘汰，才能争取到更广阔的天地!我们也衷心地祝愿他所掌舵的“金黑宝”能在食用菌设备制造上走出属于自己的一条光明大道!